Ninja livello S

Sono ninja che hanno una forza molto al di sopra di quella dei normali Jonin. Il livello S non è un grado vero e proprio; il loro grado ufficiale rimane infatti quello di Jonin, o addirittura può essere anche inferiore. Questi ninja spesso non fanno nemmeno parte degli effettivi di un villaggio, come nel caso di Jiraiya o di Tsunade prima di diventare Hokage. Spesso ninja di questo livello decidono di abbandonare il loro villaggio, e diventano Ninja traditori. Ad esempio l'organizzazione Alba è composta interamente da ninja traditori di classe S.

I ninja di questo livello sono molto noti, e portano spesso dei soprannomi dati loro da alleati o nemici. Un gruppo di ninja che si è guadagnato il titolo di Ninja leggendari era quello formato da Jiraiya, noto come "Eremita dei Rospi", Orochimaru e Tsunade, soprannominata la "Leggendaria Babbea", a causa della sua incapacità di vincere le scommesse, o la "Signora delle Lumache della Foglia". Altri ninja di livello S erano il Quarto Hokage, Minato Namikaze conosciuto come il "Lampo Giallo della Foglia", i primi tre hokage, viste le loro straordinarie capacità, Sakumo Hatake, padre di Kakashi , noto come "Zanna Bianca della Foglia", e lo stesso Kakashi Hatake, noto come "Ninja Copia". Anche l'anziana burattinaia della Sabbia, Chiyo, può essere considerata di livello S. Altri personaggi di rilievo che si possono considerare ninja di livello S sono Sasuke Uchiha e lo stesso Naruto Uzumaki anche se molto più forte dei precedenti per lo spirito di Kyubi.